玉川キリスト教会は、1989年12月、日本バプテスト教会連合、東京地区の16番目の開拓教会としてスタートしました。福井誠牧師のビジョンに基づく、株分け方式ではない、信徒ゼロからの開拓でした。初めは二子玉川駅前のAMビルの貸しホールで毎週日曜日の礼拝を、その他の集会は福井牧師が住む六畳一間のアパートにて行ないました。その後間もなくしてオーナーチェンジのためAMビルでの活動が出来なくなり、セントメリー・インターナショナル・スクールの一教室や公民館などの施設で集会を続けてまいりました。
2001年に東京地区連合の経済支援から自立、2003年二子玉川商店街の中に、現在の玉川グリーンハイツ地下1階部分ワンフロアーを購入し、恒久的な活動拠点と定め、新たなスタートを切りました。この大きな決断をしたメンバーは牧師夫妻を含めてわずか6人、開拓伝道開始13年目のことです。しかしこれによって、ヤングファミリーや歩いて通える距離に住む地元メンバーが加えられ、教会の核が生まれました。
2007年、福井牧師は、無牧が続き礼拝出席が一桁になり存続が危ぶまれた百合丘バプテスト教会の顧問牧師となり兼牧し、2009年に再建と新会堂の建設、後継牧師の招聘を実現しました。その間玉川と百合ヶ丘の教会のメンバーが一緒にスカイプによるオンライン礼拝をしたり、聖書研究会を実施したりするようになったことが、互いの霊的成長の助けとなり、教会の核形成がさらに進みました。子どもたちのミニストリーも広がり、百合丘教会のみならず、新座志木教会と三教会での交わりが進み、合同のサマープログラムも定例化しました。
2013年には、牧師・牧師夫人を核とする運営体制から牧師と執事を核とする執事会による運営体制に移行し初め、信徒の教会運営の意識が高まり、2015年にようやく教会が執事会のリーダーシップのもと、組織として動いていく体制を整えました。
2015年からは、3.11東日本大震災被災地である宮城県七ヶ浜国際村に中橋修・マリ先生ご夫妻を送り出し、開拓伝道がスタート(七ヶ浜ライトハウス教会)、2018年には、ネパール国バクタプルでの教会開拓に、リチャン&ベリーナ・カルマチャリア師を派遣、2019年には、教会の経済収支規模も1000万を超えるようになり、ようやく実質的に「開拓自立」から「教会を生み出す教会」いわゆる宣教的教会の目標に沿った歩みが進められるに至りました。2020年には、教会音楽主事を迎え、トラディショナルスタイルの礼拝の充実化に努めています。
また、2016年からは米国シンシナティのピープルズ教会(アッセンブリ―ズオブゴッド)、モーズニーのグッドニューズ教会(コンバージ)との青年交換交流プログラムもスタートしています。
以上の流れの中で、玉川キリスト教会は、教会が地域社会にオープンとなり、社会の課題に取り組みながらキリストの十字架愛を実践することを目指して、さらに多方面の活動を進めています。
一つは、1995年4月よりHFDJの活動を開始しました。これは、フィリピン国セブ島の貧しい子どもたちの就学支援を行う任意団体として始まり、2006年よりネパールにフィールドを拡大、またモンゴルのリハビリクリニックも開始、2008年に東京都認証(2012年国税庁認定、2019年東京都認定)のNPO法人HFIとなり、2015年からは、一般企業や公共団体との協力のもと、主として農業や水、衛生環境のインフラ整備の開発プロジェクトを手掛けるようになり、アジアの貧困問題に総合的にアプローチする活動を展開し、現在に至ります。
また、信徒教育活動の一環として1999年に信徒向けに配信されたパストラルメールは、一週一度の配信頻度を高め2006年12月より毎日配信され、さらに、WEB上では聖書通読ブログ「パスタ―まことの聖書通読一日一生」として公開されるようになりました。2020年10月よりStand FMによる「聖書通読ブログ音声版」もスタートしています。毎日一日一章聖書を読み進み(聞きながら)、神とよき時を過ごすことによって一日一生を得ることを標語に、3年半の聖書通読を進め2017年10月9日より第四シーズンが開始されています。なお、2016年福井師が個人的に始めた教会内の聖書塾は、執事会の発案と後押しで、現在二子玉川聖書学院として独立し、別法人(合同会社)で、超教派の聖書教育機関として働きを進めています。狭い意味での献身者養成ではなく、一般信徒が、より聖書の世界を深く学び、信仰を養い、所属教会への愛を深め、所属教会を通して主に仕えることを励ます聖書学院です。また牧師の継続教育機関であるパスターズスクール部門も併設しています。現在、近隣の様々な教派の教会から学びに来る方々が起こされています。
さらに、任意団体としての働きとして、教会設立当初より個別カウンセリングを主とする「心の相談室」を行ってきましたが、現在、読書会によるグループワークを併設する「育ちの村」として活動を継続しています。